创新质量监管体系，是建立质量长效机制，不断完善质量工作机制创新的核心内容，也是完善符合社会主义市场经济发展的必然要求。要从根本上建立具有中国特色的质量宏观管理体制，就必须不断创新质量监管体系，建立质量管理长效机制只有这样，才能构建起政府监管、市场调节、企业主体、行业自律、社会参与的质量工作长效机制。
　　1.强化棉花加工企业质量监督管理。强化棉花加工企业质量监管，提高棉花的质量，引导企业增强质量意识，是建立质量长效机制的主要途径，对企业的监管，一要严格对企业资质的审核，对已获得加工资格的企业，严格审核，对已取得加工资格而没有能力收购和加工的企业应制定相应的退出机制，坚决取缔“二小一土”的加工企业，严厉打击无证经营的违法行为。二要严格执行国家标准和强化监督管理。加强对收购加工、销售等环节的监管。三要加大加工企业设备改造和技改的投入。四是在质量管理方面要积极推进棉花检验体制的改革逐步与国际接轨；五是加快棉花加工企业信用体系建设，切实建立和创新质量监管体系和长效机制。
　　2.加大执法打假力度。一是加大质量监督管理和质量安全保障能力投入。要合理配置资源，强化质量监督工作的基础建设。加强对棉花收购、加工、销售、仓储、流通全过程的监督检查，加大力度治理货证不同行等违法行为，提高棉花公检证书有效性。二是要继续保持棉花打假高压态势。重点查处企业收购加工中存在的异性纤维、混等混级、收购加工超水棉等质量问题，严厉打击掺杂使假、以次充好等质量违法行为。
　　3.进一步完善实验室工作质量的考核机制。建立健全棉花仪器化公检实验室检验质量工作考核体系，完善仪器化公检实验室工作质量的考核制度和评价指标，将实验室检验质量和质量考核管理纳入考核评价内容。加强考核结果的反馈，强化考核结果运用，实验室考核结果作为各实验室年底考核评价评优的内容。
　　4.创新实验室质量发展奖励机制。探索建立各实验室质量奖励制度，对质量管理先进、成绩显著的实验室应予以表彰，树立先进，鼓励各实验室积极开展争创质量管理先进实验室的活动，以点带面，全面提升实验室工作质量。  
　　5.要充分发挥棉花加工企业的质量主体作用。一是积极引导企业充分认识质量保证能力的重要性，自觉抓好质保能力工作的落实。建立企业质量关键岗位责任制，明确棉花加工企业质量主体责任。二是提高棉花加工企业质量管理水平。棉花加工企业要建立健全质量管理体系，大力推广先进技术手段和现代质量管理理念、方法，积极开展技术革新。三是加快棉花加工企业质量技术创新。把技术创新作为加工企业提高质量的抓手，切实加大技术创新投入，应用新技术、新工艺，提升棉花质量。四是发挥优势企业引领作用，带动提升棉花加工企业整体质量水平，增强质量竞争力。五是推动棉花加工企业履行社会责任。强化质量安全、践行质量承诺。